.
Molekulární datový soubor používaný gromacs, program použitý pro simulaci molekulární dynamiky, šetří reziduí informace, které reprezentuje základní části molekuly, mohou obsahovat atomy, vazby, úhly, dihedrals a impropers; používá jako datový soubor pro molekulární analýzu. RTP soubory jsou používány pdb2gmx, program gromacs používá pro konverzi Protein Data Bank (. PNR) soubory do gromacs topologií (. Top soubory). Poznámka: Gromacs znamená Groningen Stroj pro chemické simulace.